Theo Trần Văn Giáp [13] và Trần Thị Băng Thanh, thì Ngô Thì Sĩ mất sau lần đi công cán trên ải Nam Quan trở về vào nằm nghỉ trong động Nhị Thanh, có lẽ là do bị cảm lạnh[14]. Nhưng có sách lại cho rằng Ngô Thì Sĩ đã uống thuốc độc chết.

Sách Khâm định Việt sử thông giám cương mục chép:

Trước khi Ngô (Thì) Nhậm tố cáo cơ mưu của Trịnh Khải, có đem bàn với cha là Ngô (Thì) Sĩ. Ngô (Thì) Sĩ cố sức ngăn...Đến khi hay tin Ngô (Thì) Nhậm đã tố cáo, Ngô (Thì) Sĩ buồn bực mà uống thuốc độc tự tử. Ngô (Thì) Nhậm, vì có công tố giác, được thăng làm Hữu Thị lang bộ Công, nhưng thiên hạ lúc ấy lại có câu rằng: "Sát tứ phụ nhi Thị lang", nghĩa là "giết bốn người cha mà làm Thị lang".[15]

Sách Lê quý dật sử chép tương tự:

...(Ngô Thì) Sĩ thấy con bè đảng xu phụ Tuyên Phi (Đặng Thị Huệ), vu khống Thế tử, ông bất bình, ra sức khuyên ngăn, nhưng (Ngô Thì) Nhậm không nghe, ông phẫn uất uống thuốc độc tự tử...(Sau vụ án) cất nhắc Ngô Thì Nhậm làm Công bộ tả thị lang, vì tố cáo Thế tử (Trịnh Khải) nên được ban thưởng, thăng vượt cấp bảy lần.[16]

Chép khác có Hoàng Lê nhất thống chí. Theo sách này, chỉ có một mình Nguyễn Huy Bá đứng ra tố giác, còn Ngô Thì Nhậm thì đã có lời khuyên Nguyễn Khắc Tuân phải hỏa tốc về kinh can ngăn Trịnh Khải dừng lại cơ mưu, nhưng không được nghe. Đến khi ông Tuân bị bắt giam, ông Nhậm định tìm cách gỡ tội, nhưng vì việc tang (cha mất) nên phải về.[17].

Để sáng tỏ vấn đề này cần phải nghiên cứu thêm.